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兩岸經貿關係存在著外部性問題，譬如企業利益與國家利益不一致，是典型的「市場失靈」問題，因此，政府以行政手段直接介入兩岸經貿交流，目的在於矯正外部性，以使兩岸經貿交流對於國家安全與企業利益兩者之間能取得平衡。本文旨在從學理上探討外部性的經濟效果，並進一步依據相關學理分析兩岸經貿交流可能存在的外部性現象，以及政府探取各種措施試圖矯正外部性問題的效果，最後針對政府在兩岸經貿交流中扮演的角色，提出看法。

台灣政府基於國家安全或國家利益的考量，採取行政措施直接介入，在學理上雖然有依據，不過，由研究結果發現，基於「市場失靈」理由而採取的干預手段，似乎應適度而不能過度上綱，應回歸市場機制發展兩岸經貿關係，提升台灣在國際分工格局中的地位，對台灣經濟發展更有利，「國家安全」更能獲得保障。政府的政治干預過當，不利於台灣參與國際分工，並壯大經濟實力，則可能得不償失。因此，台灣政府對兩岸經貿交流的規範，應盡量使得市場扭曲負面效應減到最小。